民航运输系设有六个专业，分别为空中乘务、机场运行服务与管理、民航空中安全保卫、民航安全技术管理、航空物流管理、应急救援技术（航空医护与急救方向）。
空中乘务专业是我校的龙头专业，也是国家级重点专业，同时，我校也是黑龙江省内唯一一所航空产业的统招大专院校，是全国“航空七校之一”。
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机场运行服务与管理主要研究民航服务、机场服务、机坪服务、机场运行与管理、民航法律法规等方面的基本知识和技能，进行机场运行指挥、机场地勤服务、机场票务管理等工作。
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民航空中安全保卫专业是交通运输大类中的航空运输类。民航空中安全保卫专业是我院民航运输系的精品专业。民航空中安全保卫专业是指针对航空器、机场、航空公司及其相关场所和环境，进行安全保卫工作的专业。
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民航安全技术管理主要研究民航安检技术、安全防范技术、民航安检设备与法规等方面的基本知识和技能，进行民航的安全检查与安全防范等。
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航空物流管理主要研究现代航空物流运营管理、民航货物运输、国际航空快递实务、国际货运代理等方面的基本知识和技能，目的是培养掌握空港货物运输、物流配送、民航国内货物运输等基本知识，具备航空物流的操作能力，从事航空货物运输、仓储、货运营销等工作的高素质技术技能人才。
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应急救援技术（航空医护与急救方向）专业是一门涉及到医学、护理、航空、急救等多个领域的综合性专业，具有较高的职业要求。
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