民航运输系设有五个专业，分别为空中乘务、机场运行服务与管理、民航空中安全保卫、民航安全技术管理、航空物流管理。
空中乘务专业是我校的龙头专业，也是国家级重点专业，同时，我校也是黑龙江省内唯一一所航空产业的统招大专院校，是全国“航空七校之一”。
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机场运行服务与管理主要研究民航服务、机场服务、机坪服务、机场运行与管理、民航法律法规等方面的基本知识和技能，进行机场运行指挥、机场地勤服务、机场票务管理等工作。2023-2025年是民航的增长期和释放期，重点要扩大国内市场、恢复国际市场，释放改革成效，提高对外开放水平，着力增强创新发展动能，加快提升容量规模和质量效率，全方位推进民航高质量发展。展望2025年，我国民航也将实现从单一航空运输强国向多领域民航强国跨越的战略目标。
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民航空中安全保卫专业是交通运输大类中的航空运输类。民航空中安全保卫专业是我院民航运输系的精品专业。民航空中安全保卫专业是指针对航空器、机场、航空公司及其相关场所和环境，进行安全保卫工作的专业。其主要职责是防范和打击恐怖袭击、危险物品携带、非法入侵、盗窃、抢劫等安全事件，确保航空器和航空场地的安全稳定运行。
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民航安全技术管理主要研究民航安检技术、安全防范技术、民航安检设备与法规等方面的基本知识和技能，进行民航的安全检查与安全防范等。例如：危险物品与易爆物品的检查排查，空运货物与邮件的安全检查，旅客证件及随身物品的检查等。
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航空物流管理主要研究现代航空物流运营管理、民航货物运输、国际航空快递实务、国际货运代理等方面的基本知识和技能，目的是培养全面发展，具有良好职业道德和人文素养，掌握空港货物运输、物流配送、民航国内货物运输等基本知识，具备航空物流的操作能力，从事航空货物运输、仓储、货运营销等工作的高素质技术技能人才。
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